This function retrieves a single P matrix from a gt_admix object
based on the specified k value and run number.
Examples
# Read example gt_admix object
admix_obj <-
readRDS(system.file("extdata", "anolis", "anole_adm_k3.rds",
package = "tidypopgen"
))
# Extract a P matrix
get_p_matrix(admix_obj, k = 3, run = 1)
#> V1 V2 V3
#> 1 0.048612 0.999990 0.999990
#> 2 0.999990 0.837451 0.770223
#> 3 0.033211 0.999990 0.999990
#> 4 0.999990 0.000010 0.476634
#> 5 0.999990 0.561647 0.999990
#> 6 0.999990 0.999990 0.717089
#> 7 0.999990 0.105753 0.909817
#> 8 0.999990 0.999990 0.718884
#> 9 0.999990 0.125073 0.691520
#> 10 0.999990 0.335245 0.970162
#> 11 0.999990 0.174710 0.999990
#> 12 0.999990 0.999990 0.678217
#> 13 0.999990 0.801682 0.459852
#> 14 0.999990 0.416884 0.999990
#> 15 0.999990 0.000010 0.485328
#> 16 0.999990 0.000010 0.999990
#> 17 0.999990 0.000010 0.346382
#> 18 0.999990 0.000010 0.685250
#> 19 0.999990 0.639632 0.999990
#> 20 0.999990 0.514032 0.999990
#> 21 0.000010 0.999990 0.827757
#> 22 0.999990 0.131971 0.852027
#> 23 0.999990 0.999990 0.668089
#> 24 0.900621 0.000010 0.999990
#> 25 0.900505 0.000010 0.999990
#> 26 0.900621 0.000010 0.999990
#> 27 0.900621 0.000010 0.999990
#> 28 0.999990 0.068642 0.999990
#> 29 0.275223 0.999990 0.958552
#> 30 0.347394 0.999990 0.999990
#> 31 0.967079 0.000010 0.999990
#> 32 0.999990 0.999990 0.132778
#> 33 0.999990 0.000010 0.837993
#> 34 0.999990 0.328316 0.999990
#> 35 0.999990 0.375847 0.999990
#> 36 0.999990 0.000010 0.602393
#> 37 0.999990 0.999990 0.610375
#> 38 0.999990 0.288723 0.999990
#> 39 0.999990 0.000010 0.854501
#> 40 0.999990 0.335313 0.999990
#> 41 0.999990 0.999990 0.182406
#> 42 0.999990 0.000010 0.604867
#> 43 0.999990 0.000010 0.999990
#> 44 0.999990 0.000010 0.999990
#> 45 0.999990 0.596966 0.999990
#> 46 0.999990 0.000010 0.999990
#> 47 0.999990 0.000010 0.999990
#> 48 0.999990 0.596966 0.999990
#> 49 0.999990 0.000010 0.999990
#> 50 0.999990 0.049367 0.999990
#> 51 0.999990 0.999990 0.523934
#> 52 0.999990 0.344617 0.655521
#> 53 0.999990 0.746841 0.625154
#> 54 0.999990 0.000010 0.999990
#> 55 0.000010 0.999990 0.999990
#> 56 0.000010 0.999990 0.999990
#> 57 0.999990 0.000010 0.943597
#> 58 0.969131 0.386538 0.999990
#> 59 0.000010 0.999990 0.999990
#> 60 0.999990 0.000010 0.999990
#> 61 0.999990 0.419175 0.999990
#> 62 0.999990 0.076907 0.999990
#> 63 0.999990 0.162072 0.999990
#> 64 0.999990 0.999990 0.608016
#> 65 0.999990 0.169368 0.831542
#> 66 0.999990 0.165248 0.999990
#> 67 0.999990 0.000010 0.668063
#> 68 0.999990 0.515023 0.999990
#> 69 0.999990 0.000010 0.668063
#> 70 0.999990 0.000010 0.999990
#> 71 0.999990 0.071412 0.999990
#> 72 0.999990 0.999990 0.678757
#> 73 0.999990 0.000010 0.999990
#> 74 0.999990 0.999990 0.698978
#> 75 0.999990 0.469798 0.259533
#> 76 0.999990 0.375847 0.999990
#> 77 0.999990 0.000010 0.456997
#> 78 0.999990 0.144160 0.999990
#> 79 0.999990 0.535940 0.931303
#> 80 0.688474 0.515613 0.999990
#> 81 0.999990 0.000010 0.999990
#> 82 0.999990 0.380531 0.999990
#> 83 0.999990 0.256660 0.999990
#> 84 0.999990 0.099258 0.876406
#> 85 0.616057 0.999990 0.284705
#> 86 0.999990 0.294474 0.999990
#> 87 0.999990 0.469108 0.999990
#> 88 0.999990 0.260576 0.999990
#> 89 0.999990 0.521198 0.756456
#> 90 0.999990 0.000010 0.703064
#> 91 0.999990 0.000010 0.625649
#> 92 0.000010 0.999990 0.810944
#> 93 0.000010 0.999990 0.810944
#> 94 0.999990 0.295801 0.999990
#> 95 0.999990 0.050093 0.857528
#> 96 0.999990 0.679943 0.939650
#> 97 0.999990 0.561020 0.999990
#> 98 0.051939 0.999990 0.999990
#> 99 0.854262 0.957593 0.446715
#> 100 0.000010 0.999990 0.999990
#> 101 0.999990 0.000010 0.814765
#> 102 0.999990 0.559501 0.909287
#> 103 0.999990 0.721156 0.909239
#> 104 0.999990 0.514032 0.999990
#> 105 0.999990 0.183151 0.867017
#> 106 0.031782 0.999990 0.999990
#> 107 0.999990 0.074969 0.376982
#> 108 0.999990 0.162070 0.999990
#> 109 0.999990 0.999990 0.711043
#> 110 0.410293 0.957570 0.835815
#> 111 0.999990 0.000010 0.999990
#> 112 0.999990 0.000010 0.999990
#> 113 0.999990 0.000010 0.999990
#> 114 0.999990 0.466753 0.999990
#> 115 0.999990 0.415766 0.999990
#> 116 0.999990 0.999990 0.270395
#> 117 0.999990 0.515023 0.999990
#> 118 0.999990 0.959415 0.370706
#> 119 0.000010 0.999990 0.999990
#> 120 0.999990 0.302514 0.999990
#> 121 0.999990 0.517676 0.999990
#> 122 0.999990 0.000010 0.999990
#> 123 0.999990 0.000010 0.999990
#> 124 0.999990 0.560105 0.765791
#> 125 0.999990 0.000010 0.915067
#> 126 0.999990 0.344403 0.999990
#> 127 0.999990 0.344403 0.999990
#> 128 0.999990 0.038438 0.999990
#> 129 0.999990 0.000010 0.999990
#> 130 0.999990 0.000010 0.999990
#> 131 0.999990 0.000010 0.850175
#> 132 0.999990 0.182190 0.939709
#> 133 0.999990 0.953767 0.464839
#> 134 0.999990 0.605699 0.999990
#> 135 0.999990 0.000010 0.787129
#> 136 0.866669 0.999990 0.468969
#> 137 0.999990 0.000010 0.643417
#> 138 0.000010 0.999990 0.904410
#> 139 0.999990 0.000010 0.708804
#> 140 0.999990 0.000010 0.999990
#> 141 0.999990 0.440726 0.745239
#> 142 0.999990 0.999990 0.399495
#> 143 0.999990 0.999990 0.430931
#> 144 0.100547 0.999990 0.999990
#> 145 0.999990 0.917354 0.244776
#> 146 0.999990 0.000010 0.510772
#> 147 0.999990 0.957766 0.730184
#> 148 0.409860 0.999990 0.999990
#> 149 0.999990 0.000010 0.396582
#> 150 0.000010 0.999990 0.999990
#> 151 0.999990 0.999990 0.570089
#> 152 0.652832 0.999990 0.999990
#> 153 0.999990 0.550824 0.999990
#> 154 0.999990 0.843455 0.709648
#> 155 0.999990 0.843455 0.709648
#> 156 0.166674 0.999990 0.514208
#> 157 0.167157 0.999990 0.486349
#> 158 0.167179 0.999990 0.485315
#> 159 0.999990 0.208222 0.850440
#> 160 0.999990 0.999990 0.658225
#> 161 0.861593 0.694844 0.294181
#> 162 0.999990 0.000010 0.808827
#> 163 0.999990 0.000010 0.999990
#> 164 0.000010 0.999990 0.955633
#> 165 0.000010 0.999990 0.971158
#> 166 0.999990 0.567760 0.999990
#> 167 0.999990 0.417002 0.999990
#> 168 0.000010 0.827580 0.944318
#> 169 0.999990 0.558151 0.854535
#> 170 0.091985 0.999990 0.831712
#> 171 0.849785 0.999990 0.469028
#> 172 0.999990 0.999990 0.526063
#> 173 0.999990 0.000010 0.999990
#> 174 0.037335 0.999990 0.868742
#> 175 0.037276 0.999990 0.876849
#> 176 0.999990 0.000010 0.999990
#> 177 0.999990 0.105940 0.999990
#> 178 0.999990 0.105940 0.999990
#> 179 0.999990 0.000010 0.999990
#> 180 0.999990 0.999990 0.000010
#> 181 0.999990 0.000010 0.999990
#> 182 0.999990 0.000010 0.999990
#> 183 0.999990 0.000010 0.999990
#> 184 0.999990 0.999990 0.729027
#> 185 0.999990 0.038218 0.868367
#> 186 0.999990 0.472302 0.999990
#> 187 0.000010 0.999990 0.999990
#> 188 0.072803 0.999990 0.925630
#> 189 0.999990 0.000010 0.999990
#> 190 0.999990 0.000010 0.907002
#> 191 0.999990 0.500142 0.817751
#> 192 0.000010 0.999990 0.778672
#> 193 0.000010 0.999990 0.999990
#> 194 0.000010 0.999990 0.999990
#> 195 0.000010 0.999990 0.999990
#> 196 0.000010 0.999990 0.999990
#> 197 0.999990 0.516536 0.999990
#> 198 0.000010 0.999990 0.816185
#> 199 0.000010 0.873207 0.853425
#> 200 0.999990 0.279973 0.999990
#> 201 0.999990 0.999990 0.634823
#> 202 0.999990 0.000010 0.999990
#> 203 0.999990 0.102728 0.999990
#> 204 0.999990 0.602253 0.999990
#> 205 0.000010 0.999990 0.969391
#> 206 0.999990 0.957700 0.751467
#> 207 0.000010 0.999990 0.969391
#> 208 0.999990 0.279975 0.999990
#> 209 0.956135 0.999990 0.560701
#> 210 0.968495 0.515021 0.999990
#> 211 0.999990 0.328318 0.999990
#> 212 0.999990 0.000010 0.999990
#> 213 0.999990 0.145199 0.999990
#> 214 0.999990 0.000010 0.999990
#> 215 0.999990 0.000010 0.999990
#> 216 0.999990 0.000010 0.999990
#> 217 0.999990 0.576409 0.999990
#> 218 0.999990 0.000010 0.473852
#> 219 0.965902 0.999990 0.421242
#> 220 0.968990 0.210476 0.999990
#> 221 0.999990 0.210478 0.999990
#> 222 0.999990 0.210478 0.999990
#> 223 0.999990 0.000010 0.999990
#> 224 0.999990 0.577048 0.969313
#> 225 0.999990 0.183827 0.940519
#> 226 0.999990 0.000010 0.999990
#> 227 0.999990 0.000010 0.377578
#> 228 0.999990 0.129412 0.999990
#> 229 0.999990 0.000010 0.999990
#> 230 0.725502 0.999990 0.125618
#> 231 0.725502 0.999990 0.125618
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